Utilizarea metodei de secvențiere metagenomică în examinarea biosubstratelor clinice (review-ul literaturii
DOI:
https://doi.org/10.52556/2587-3873.2025.1(103).05Cuvinte cheie:
microorganism, secvențiere metagenomică, boli infecțioase, diagnosticRezumat
Dezvoltarea noilor tehnologii de secvențiere au facilitat caracterizarea diversității taxonomice și funcționale a microorganismelor. Utilizarea secvențierii metagenomice de generație următoare oferă posibilități de detectare imparțială a tuturor agenților patogeni prezenți în proba analizată. Această tehnologie moleculară este un instrument nou utilizat pentru identificarea ADN-ului și/sau ARN-ului microbian în sânge și în alte biosubstraturi clinice. Studiul realizat este un review al literaturii. Autorii au examinat, folosind baze de date precum PubMed, Mendeley, Google Academic și fondurile bibliotecilor naționale, cele mai recente publicații care au corespuns întru totul scopului. Metagenomica, cunoscută și sub numele de genomica de mediu, este studiul conținutului genomic al unui eșantion de organisme obținute dintr-un habitat comun. Bolile infecțioase sunt frecvent observate în practica clinică, iar depistarea agenților cauzali este veriga-cheie în diagnosticul și tratamentul acestora. Metodele convenționale de diagnostic nu pot satisface nevoile clinice din cauza operațiunilor ce necesită timp și din cauza ratei pozitive scăzute. Secvențierea metagenomică de generație următoare poate depista bacterii, virusuri, ciuperci, paraziți, agenți patogeni rari și chiar agenți patogeni necunoscuți. Utilizarea secvențierii metagenomice pentru examinarea biosubstraturilor este un domeniu relevant, cu un potențial mare de explorat. Implementarea acestei tehnologii va duce la scăderea costurilor. Integrarea datelor folosind mai multe platforme tehnologice va duce la o mai bună înțelegere a modului de valorificare a metagenomilor.
Referințe
GARFIAS-GALLEGOS, D., ZIRIÓN-MARTÍNEZ, C., BUSTOS-DÍAZ, ED., et al. Metagenomics Bioinformatic Pipeline. In: Methods Mol Biol. 2022;2512:153-179. PMID: 35818005. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2429-6_10
SCHUELE, L., CASSIDY, H., PEKER, N, et al. Future potential of metagenomics in microbiology laboratories. In: Expert Rev Mol Diagn. 2021 Dec;21(12):1273-1285. PMID: 34755585. https://doi.org/10.1080/14737159.2021.2001329
REN, D., REN, C., YAO, R., et al. The microbiological diagnostic performance of metagenomic next-generation sequencing in patients with sepsis. In: BMC Infect Dis.2021 Dec 16;21(1):1257. PMID: 34915851. https://doi.org/10.1186/s12879-021-06934-7
KANDATHIL, AJ., THOMAS, DL. The Blood Virome: A new frontier in biomedical science. In: Biomed Pharmacother. 2024 Jun;175:116608. Epub 2024 May 3. PMID: 38703502. https://doi.org/10.1016/j.biopha.2024.116608
HOGAN, CA., YANG, S., GARNER, OB., et al. Clinical Impact of Metagenomic Next-Generation Sequencing of Plasma Cell-Free DNA for the Diagnosis of Infectious Diseases: A Multicenter Retrospective Cohort Study. In: Clin Infect Dis. 2021 Jan 27;72(2):239-245.
https://doi.org/10.1093/cid/ciaa035
DUAN, H., LI, X., MEI, A. et al. The diagnostic value of metagenomic next-generation sequencing in infec tious diseases. In: BMC Infect Dis. 2021 Jan 13;21(1):62. PMID: 33435894. https://doi.org/10.1186/s12879-020-05746-5
EDWARD, P., HANDEL, AS. Metagenomic NextGeneration Sequencing for Infectious Disease Diagnosis: A Review of the Literature With a Focus on Pediatrics. In: J Pediatric Infect Dis Soc. 2021 Dec 24;10(Supplement_4):S71-S77. PMID: 34951466. https://doi.org/10.1093/jpids/piab104
BENZ, S., MITRA, S. From Genomics to Metagenomics in the Era of Recent Sequencing Technologies. In: Methods Mol Biol. 2023;2649:1-20. PMID: 37258855. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-3072-3_1
HAN, SY. Clinical value of metagenomic nextgeneration sequencing in complicated infectious diseases. In: Zhongguo Dang Dai Er Ke Za Zhi. 2022 Feb 15;24(2):210-215. English, Chinese. doi: 10.7499/j.issn.1008-8830.2110064. PMID: 35209988.
ZHOU, JJ., DING, WC., LIU, YC. et al. Diagnostic Value of Metagenomic Next-Generation Sequencing for Pulmonary Infection in Intensive Care Unit and Non-Intensive Care Unit Patients. In: Front Cell Infect Microbiol. 2022 Aug 15;12:929856. PMID: 36046746. https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.929856
ROY, G., PRIFTI, E., BELDA, E. et al. Deep learning methods in metagenomics: a review. In: Microb Genom.2024 Apr;10(4):001231. PMID: 38630611. https://doi.org/10.1099/mgen.0.001231
CORANDER, J., HANAGE, WP., PENSAR, J. Causal discovery for the microbiome. In: Lancet Microbe.2022 Nov;3(11):e881-e887. Epub 2022 Sep 21. PMID: 36152674. https://doi.org/10.1016/S2666-5247(22)00186-0
SLAVOV, SN. Viral Metagenomics for Identification of Emerging Viruses in Transfusion Medicine. In: Viruses.2022 Nov 4;14(11):2448. PMID: 36366546. https://doi.org/10.3390/v14112448
DUAN, H., LI, X., MEI, A. et al. The diagnostic value of metagenomic next-generation sequencing in infectious diseases. In: BMC Infect Dis. 2021 Jan 13;21(1):62. PMID: 33435894. https://doi.org/10.1186/s12879-020-05746-5
MENG, LN., LI, G., YUAN, HX. et al. Utility of metagenomics next-generation sequencing in the diagnosis and treatment of severe infectious diseases in the intensive care unit. In: Technol Health Care.2023;31(5):1887-1899. PMID: 37302051. https://doi.org/10.3233/THC-220856
LIU, X., TONG, X., ZOU, Y. et al. Mendelian randomization analyses support causal relationships between blood metabolites and the gut microbiome. In: Nat Genet. 2022 Jan;54(1):52-61. doi: 10.1038/s41588-021-00968-y. Epub 2022 Jan 3. PMID: 34980918. https://doi.org/10.1038/s41588-021-00968-y
Descărcări
Publicat
Număr
Secțiune
Licență
Această lucrare este licențiată în temeiul Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
